use data, clear
keep v0001 v0040
save a, replace

use data, clear
keep v1001 v1040
rename v1001 v0001
rename v1040 v0040
save b, replace

use a, clear
append using b

好像可以用字符串的相关命令吧。提取其中的部分字符串，如果相同的话，就赋值为1，然后保留值为1的数据，应该就可以了吧。

这样的话不是只保留了一部分数据么？如果我只是想重新排列数据呢？就是说把v0001-V0040,v1001-v1040,v2001-v2040全部合并成v0001-V0040？

你保留一种，比如v0001和v1001和v2001的数据排列在同一列中，然后再处理其他的，最后再merge到一块也行吧。我还不是很清楚你的问题

建议楼主贴出两种数据表格，即原本的+想要的，否则比较难清楚楼主想要的。
或许指令reshape可以达成楼主想要的。