Weka和R是两个突出的开放源码分析软件系统。这两个都来自学术界，但有不同的目标和重点。R来自统计界，是一个通用分析统计环境，Weka的起源是在计算机科学，因此专门为机器学习和数据挖掘而设计。在选择分析软件时，你需要仔细考虑你的数据挖掘的目标范围内的各种因素，包括预测潜在部署模型。Weka的基础是100％的Java，促进简单集成和部署。Weka提供了技术，广阔的选择数据挖掘和机器学习。R是一个通用的统计环境，拥有设施。Weka无疑是更用户友好，有熟悉点的点击图形用户界面。而R本质上是一种函数式编程语言。

R里有很多机器学习的函数和包，不过Weka里提供的函数更全面更集中。所以通常在R中准备好训练的数据（如：提取数据特征……）；整理成Weka需要的格式（*.arff）；在Weka里做机器学习（如：特征选择、分类……）；从Weka的预测结果计算需要的统计量（如：sensitivity, specificity, MCC……）。