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压力会导致圆秃，但许多疾病也常合并有圆秃情形，包括甲状腺功能异常、糖尿病、类风湿性关节炎、红斑性狼疮、儿童白斑症及异位性皮肤炎等，尤其常见自体免疫疾病患者。

临床上，免疫问题引起的掉发情况并不少见。

一般而言，自体免疫疾病使体内自然杀手T细胞活化，而T细胞通常攻击黑色素干细胞附近的毛囊，若T细胞攻击黑色素毛囊的火力太强 ，头皮便可能出现1元或5元、10元硬币大小的掉发，有人甚至「全头秃」，头发全部掉光，极少严重者甚至会出现所谓的「宇宙秃」，不只头发，包括眉毛、腋毛、手毛、脚毛及阴毛，全部掉光。

值得注意的是，长出白头发的毛囊里没有黑色素，因此不会被T细胞攻击，所以伍子胥过昭关，因一夜忧愁导致满头白发，但长在自体免疫疾病患者头上的白发，却不会掉。

自体免疫疾病可能引发掉发，免疫不全也较容易感染，部分民众还合并有关节炎问题。

免疫反应可能只有局部症状，也可能影响全身器官，如嘴干、嘴破或眼睛黏膜干涩等，有时查不出原因，建议先抽血排除其他疾病，再逐步找出真正的致病原因。