好像是不行。

运行代码后出现如下信息

错误于mat2010[as.character(d2010[i, 1]), as.character(d2010[i, 2])] <- 1 :
  下标出界？

供参考
> aa = read.table("clipboard",head=T)
> aa
   plotname speciesname
1     plot1         sp1
2     plot1         sp2
3     plot1         sp3
4     plot1         sp4
5     plot2         sp2
6     plot2         sp4
7     plot2         sp5
8     plot2         sp6
9     plot2         sp7
10    plot3         sp3
11    plot3         sp5
12    plot3         sp7
13    plot3         sp8
14    plot3         sp9
15    plot3        sp10
16    plot3        sp11
> aa$num = 1
> aa
   plotname speciesname num
1     plot1         sp1   1
2     plot1         sp2   1
3     plot1         sp3   1
4     plot1         sp4   1
5     plot2         sp2   1
6     plot2         sp4   1
7     plot2         sp5   1
8     plot2         sp6   1
9     plot2         sp7   1
10    plot3         sp3   1
11    plot3         sp5   1
12    plot3         sp7   1
13    plot3         sp8   1
14    plot3         sp9   1
15    plot3        sp10   1
16    plot3        sp11   1
> xtabs(num~.,data=aa)
        speciesname
plotname sp1 sp10 sp11 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7 sp8 sp9
   plot1   1    0    0   1   1   1   0   0   0   0   0
   plot2   0    0    0   1   0   1   1   1   1   0   0
   plot3   0    1    1   0   1   0   1   0   1   1   1

> aa = read.table("clipboard",head=T)
> aa
   plotname speciesname
1     plot1         sp1
2     plot1         sp2
3     plot1         sp3
4     plot1         sp4
5     plot2         sp2
6     plot2         sp4
7     plot2         sp5
8     plot2         sp6
9     plot2         sp7
10    plot3         sp3
11    plot3         sp5
12    plot3         sp7
13    plot3         sp8
14    plot3         sp9
15    plot3        sp10
16    plot3        sp11
> aa$num = 1
> aa
   plotname speciesname num
1     plot1         sp1   1
2     plot1         sp2   1
3     plot1         sp3   1
4     plot1         sp4   1
5     plot2         sp2   1
6     plot2         sp4   1
7     plot2         sp5   1
8     plot2         sp6   1
9     plot2         sp7   1
10    plot3         sp3   1
11    plot3         sp5   1
12    plot3         sp7   1
13    plot3         sp8   1
14    plot3         sp9   1
15    plot3        sp10   1
16    plot3        sp11   1
> xtabs(num~.,data=aa)
        speciesname
plotname sp1 sp10 sp11 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7 sp8 sp9
   plot1   1    0    0   1   1   1   0   0   0   0   0
   plot2   0    0    0   1   0   1   1   1   1   0   0
   plot3   0    1    1   0   1   0   1   0   1   1   1