错误在这里：for(j in 1:100-i)  
1:100-i  例如1:100-5  
[1] -4 -3 -2 -1  0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
[25] 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43
[49] 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67
[73] 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91
[97] 92 93 94 95

所以（ j in 1:100-i）会出现错误已改成（j in 1：（100-i))

> a<-runif(100,0,100)
> i<-1
> j<-1
> for(i in 1:100)
+  {
+   for(j in 1:(100-i))
+   if(a[j]>a[j+1])   
+   temp=a[j]
+   a[j]=a[j+1]
+   a[j+1]=temp
+   j=j+1
+  }  
Error in if (a[j] > a[j + 1]) temp = a[j] : argument is of length zero
>
还是会出现错误提示。谢谢再次解答

可以参考这里，有各种语言的冒泡法。
http://rosettacode.org/wiki/Sorting_algorithms/Bubble_sort

把 （i in 1：100）改成 （i in 1：99）就可以了

我可以加你扣扣吗？我是中南大学研一的，老师最近让我学习r语言，我已经掌握理论了，实践操作才起步。这是我扣扣727060307