两者都可以用于方差分析
anova多用于均衡数据
glm多用于非均衡数据，当然也可以用于均衡数据

打个比方，比如你试验由4个药剂处理同一种动物（a,b,c,d)，每个处理得出雌,雄(1,2) 两种的个体数。 ANOVA只能比较4种药剂处理因素(a,d,c,d)分别对雌性个体，或者对雄性个体的差异性分析，而不能比较某一处理( 如b处理）雌雄之间的差异性分析。

GLM则不然，可以做双因素分析： （1）5个不同水平的处理  （2）2个水平 （雌，雄）

This way we could test for an interaction between the 2 factors:  
treatments and sex.

这是我和一个国外的教授讨教，他告诉我的， 希望会有帮助！

你这个说的不准确，ANOVA也可以做双因素检验，ANOVA和GLM最大的区别是GLM使用的范围更广，ANOVA做方差分析时只能适用于平衡数据，即效应因子个交叉水平上样本数相同的数据，而GLM可以适用于平衡数据、非平衡数据、协方差分析以及广义线性模型分析，但是ANOVA运行的速度快，占内存小，所以平衡数据的分析一般都用ANOVA

Anova过程主要用于处理均衡设计的一元、多元方差分析和重复测量的方差分析，也可以用于多个变量的对比检验。Proc anova过程首先要检查试验设计是否均衡，如果不均衡，就建议使用GLM过程。相对于ANOVA过程，GLM过程在处理不均衡设计时更有效。

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