货币基金通常需要T+2日赎回到账,但是为了方便互联网用户的体验,在余额宝之前,多家基金公司的产品已经实现T+0。但是在后台的结算仍是T+1,这中间往往需要基金公司垫付资金,从而产生成本。由于余额宝的巨大体量,需要的垫资成本更大,也绝非天弘基金自身所能承担。有业内人士称,通常100亿元的货币基金就可能需要5亿元垫资准备,这意味着支付宝有可能需要为数千亿的余额宝准备百亿元的流动资金。垫付资金的成本问题将由支付宝承担,或许天弘基金会用管理费弥补一部分。一位支付宝内部人士介绍,余额宝在淘宝内部消费并不需要垫资,7天消费在途设计可以满足赎回时间的要求,但是余额宝转出都涉及到垫资问题,包括转出至支付宝和银行卡。
同时,任何一笔银行卡至余额宝的转入和转出都涉及转账费用,均有支付宝承担。余额宝托管于中信银行,与其他银行间的操作都为跨行转账。一般银行与第三方支付会协商这一价格,最高的每笔为千分之二。支付宝与各家银行商谈的这部分价格外界不得而知。不包括此前备付金收益的成本损失,余额宝需要承担的成本来自于垫资和转账两部分。业内有传言,支付宝在余额宝项目已经出现数亿的额外成本。