金融机构是指专门从事货币、信用活动的中介组织。如商业银行、证券公司、保险公司、信托投资公司、财务公司、资产管理公司等。
金融中介机构指对资金供给者吸收资金，再将资金对资金需求者融通的媒介机构。为达成中介的功能，金融中介机构通常发行各种次级证券，如定期存单、保险单等，以换取资金，而因为各种金融中介机构所发行次级证券的差异很大，因此，经济学家即以这些差异做为对金融中介机构分类的依据。一般而言，发行货币性次级证券如存摺、存单等的金融中介机构称为存款货币机构，而这些由存款货币机构发行的次级证券不但占存款货币机构负债的大部份，一般而言，也是属於货币供给的一部份；至於非存款货币机构所发行的次级证券如保险单等，则占非存款货币机构负债的一大部份，而且这些次级证券也不属於货币供给的一部份。
金融中介机构依是否发行货币间接请求权，可区分为：

(一) 存款货币机构 (Deposit Monetary Institutions)：包括商业银行、专业银行与基层合作金融中介机构、中央信托局等。其中，专业银行包括中小企业银行、工业银行与农业银行等，而基层合作金融中介机构则包括信用合作社、农渔会信用部等。

(二) 非存款货币机构 (Non-deposit Monetary Institutions)：包括邮政储金汇业局、信托投资公司、保险公司。

总结：从很大程度上说，两者是没区别的，很多文献都混用两个概念。当然也有些说两者是不同的概念，感觉意思就是一样的