一是科研机构布局和分工不尽合理。当前,我国农业科研机构以中央、省、市三级农业科研院所为主体,基本按行政区划设置,不能充分体现农业生态特点和农业区划要求。现有各级农业科研机构学科专业设置雷同,研究内容趋同,不同层次上没有形成科学合理的分工,“上下一般粗”问题突出。分属不同部门的农业科研力量条块之间缺乏紧密联系。

　　二是科研经费支持总量不足,结构问题尤为突出。农业科研院所普遍反映,随着近几年国家在农业科研方面投入的不断增加,科研院所“找打仗钱”的压力大为减轻,但人员经费和日常公用经费严重不足的问题突出,已成为制约农业科研院所持续稳定发展的“瓶颈”。据对农业部部属三个研究院的调查,2009年在职人员经费实际支出为7.4297亿元,而财政拨款为2.6834亿元,仅为实际支出的36%。

　　三是现代农业科研院所管理体制尚未完全建立。一方面,由于相关管理体制改革的滞后,研究所的微观管理依然受到多方面的制约,ZF对科研院所干预过多、科研院所自身行政化倾向等问题突出。另一方面,科研院所自身内部管理制度也不健全,以推行聘用制和岗位管理为重点的人事制度改革、以体现能力和业绩为重点的收入分配制度改革、以加强管理和提高效益为重点的科研管理制度改革尚未完全实现,科研院所管理还没有真正走上科学、规范的轨道。

　　四是部分农业科研院所在改革过程中定位不够准确。科研院所分类改革的初衷是把需要ZF支持的公益类研究机构与应该面向市场开发的应用类研究机构分开,采取相应的支持和管理方式。但在实际操作过程中,存在着简单的“一刀切”或者按比例来确定非营利科研院所数量的情况,一些拟转制农业科研院所因为定位不准,不仅没有能转型为现代农业科技企业,而且其基本发展能力和水平受到了较大影响。“十二五”是加快发展现代农业的关键时期。在“八连增”新的高起点上推进现代农业发展,面临着粮食需求刚性增长、农业生产成本刚性上升、水土资源和环境生态刚性约束的巨大压力和挑战,必须在加快农业科技进步上找出路,在增强自主创新能力上做文章,在创新农业科研院所体制机制上求突破。要通过深化完善农业科研院所改革,激发农业科研院所发展的内生动力,发挥好农业科研院所在我国农业科技创新工作中的骨干和主导作用,为现代农业持续稳定发展提供强有力的科技支撑。