x1是同一类公司，x2又是另一同类公司吗？

完全不同
X1是金融行业上市公司的报表披露指数
X2是地产公司的报表披露指数

X1和X2都是指数，但是公司不一样

首先从线性回归的基本假设角度来讲只要满足了如下条件就可以估计模型，
1、随机误差项是一个期望值或平均值为0的随机变量；
2、对于解释变量的所有观测值，随机误差项有相同的方差；
3、随机误差项彼此不相关；
4、解释变量是确定性变量，不是随机变量，与随机误差项彼此之间相互独立；
5、解释变量之间不存在精确的（完全的）线性关系，即解释变量的样本观测值矩阵是满秩矩阵；
6、随机误差项服从正态分布。
从这个角度来讲不同类型的公司并不是不能估计模型，但是如果你选择的指标来自于不同的类型公司的数据，那么你所得到的因变量还能解释什么问题呢？是解释的哪个类型的公司的？
所以我感觉关键是你分清楚你想解释的问题是不是可以用这些变量来解释。