知识产权问题一直是企业难以获得更多合同的主要限制因素。因为外包合同生产会涉及到向当地的合同制造商(CMO)进行知识和生产技术转移，将来，这些当地的合同制造商很容易成为竞争者。这些合同制造商在市场规模上有优势，如果缺乏知识产权保护，他们将进行逆向开发，生产药物的仿制药版本。如近两年来，争议颇多的格列卫、特罗凯仿制品也因知识产权问题难以走向国际。
　　根据安永会计师事务所的调查，在后期开发阶段，一般只把原材料或者中间物外包给印度CMO公司，在API药物的最后阶段，要么在本土完成，要么交给西方的CMO公司。在对知识产权保护的信心建立之前，这个趋势还将持续一段时间。
　　虽然中国也对其专利法进行了第三次增补，在2011年年底生效，也正式为专利提供了类似西方国家的保护。但是，知识产权相关问题仍是阻碍中国合同制造市场发展的关键因素。
　　生物医药新高地
　　虽然在化学制药领域，与印度相比，中国企业并不处于优势。但在国家政策的支持下，中国企业在生物医药合同制造方面比印度具有更大优势。
　　尽管长期以来，小分子药物的生产被外包到低成本的亚洲区域生产，但成品药的生产还是主要集中在北美和西欧，特别是生物医药制品。但是，随着成本压力的增加，也会出现从西向东转移的趋势。
　　印度的生物医药制造产业落后于中国。这一点可能颠覆中国和印度在以往CMO领域里的地位对比，因为生物制品在医药市场的比例将越来越大，预计到2014年前，100只药物中将有一半是生物制药，而2000年只占11%。
　　据安永分析，中国企业进军生物医药的合同生产不失为一个绝佳策略。不过，这种模型是有挑战的。因为这是一个崭新的行业，潜在客户需要通过很长时间才能签下合同，并且规模都很小。为了和跨国公司建立起关系和信任，完成合同的专用设备也是需要的，这又是一笔开支。尽管生物医药合同制造市场还处于早期，但市场潜力相当大。
　　在中国，科研和生产人员的劳动成本很低，只是需要更多资金来建立一流的生产设施。有些公司已经成功进入了这个市场，例如北京凯因公司，它拥有全自动的生产线，每年可生产1亿瓶干扰素。凯因公司计划成为世界一流水平的生物医药合同制造和合同研究公司，该公司由中国疾病预防控制中心和国家病毒基因工程重点实验室支持。相比之下，印度尚缺乏这样的雄心。

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