input1[,ii]= x[ii:length(x)-lag+ii-1] 这里应该改成  input1[,ii]= x[ii:(length(x)-lag+ii-1)]

要注意括号，比如1:n-1实际上表示0:(n-1)   

这个可以学习一下                                                                        
                                       
                                                     
                                                     
                                             
                                                                 
                                                                                 

1楼说的是对的，第6行也有同样的问题，“lag+1”也要用括号括起来；
另外，建议第7行改为return(lagmat=list(x=input1,y=output1))。

GOOD TO KNOW, Thank you for sharing this.

速度会很慢，考虑使用Rcpp编写。