我以北京地区为例，简而言之研发费加计扣除分为两大步骤：
1.申请企业研究开发项目鉴定：由科委专家鉴定研发项目是否合法、合规（具体可参考后附细则）
2.申请税收优惠政策备案：鉴定通过鉴定的研究开发项目，申请单位可登陆申报系统彩色打印《企业研究开发项目鉴定意见书》，由法定代表人签字并加盖公章后到主管税务机关办理年度研究开发费用加计扣除税收优惠政策手续。

法规依据：
国家税务总局《关于印发<企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）>的通知》（国税发〔2008〕116号）
财政部、国家税务总局《关于中关村、东湖、张江国家自主创新试点地区和合芜蚌自主创新综合试验区有关研究开发费加计扣除试点政策的通知》（财税〔2013〕13号）
财政部、国家税务总局《关于研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》（财税〔2013〕70号，以下简称70号文件）

一、申请条件
（一）申请单位应为北京市行政区域内注册、具有独立法人资格的企业；
（二）申请项目应为企业2014年度开展的研究开发项目，项目应符合116号、13号、70号文件规定的条件；
（三）申请单位应于提交研究开发项目鉴定申请前向主管税务机关咨询办理研究开发费用加计扣除的具体要求，主管税务机关对研究开发项目有异议的，单位可申请研究开发项目鉴定。

二、申请程序
（一）注册及网上申报
申请单位登录研究开发项目鉴定工作网（网址：http://www.bjzzcx.com）填报企业基本信息、提交系统注册申请。后台工作人员激活注册账号后，申请单位可登陆工作网，在线填写《企业研究开发项目鉴定申请书》并上传相关证明材料，完成网上申报。
（二）提交书面申报材料
申请单位完成网上申报后，应及时提交如下书面申报材料：
1、《企业研究开发项目鉴定申请书》及《北京市企业研究开发项目鉴定意见书》；
2、企业工商营业执照（副本复印件）、组织机构代码证书（副本复印件）及税务登记证书（副本复印件）；
3、自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算（复印件）；
4、自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单；
5、自主、委托、合作研究开发项目2014年度研究开发费用发生情况归集表；
6、企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件（复印件）；
7、委托、合作研究开发项目的合同或协议（复印件）；
8、研究开发项目的效应情况说明、研究成果报告等资料；
9、其他材料，如知识产权证书（复印件）、技术查新报告、成果获奖证书（复印件）等。
以上材料一式两份，用A4纸打印或复印，左侧胶装成册，在右侧骑缝处加盖公章，书脊处加印项目流水号（与申报系统生成流水号一致）。申请单位多个项目申请鉴定的，每个项目应分别装订成册。
申报材料中有复印件的，在递交材料时需提供材料原件供查验（材料原件当场查验，验毕退回）。

三、申请材料的受理
（一）受理时间
2014年度研究开发项目鉴定工作分为两批，各批次受理时间如下：
1、第一批注册及网上申报截止时间为2015年2月6日，提交书面申报材料截止时间为2015年2月12日；
2、第二批注册及网上申报截止时间为2015年3月10日，提交书面申报材料截止时间为2015年3月16日。
请申报单位合理把握申报进度，选择合适的批次进行申报，逾期不予受理。

（二）书面材料受理地点
1、地址：海淀区阜成路73号裕惠大厦C座一层受理大厅；
2、联系电话：88828846 88828848；
3、受理时间：工作日上午9:00-11:30，下午13:30-16:30，节假日不受理。

多谢指点，赶紧研究一下，年前就已经开始啦。