个人独资企业是非公司制企业，有限责任公司是公司制企业；
个人独资企业承担无限债务责任，有限责任公司承担有限债务责任；
个人独资企业随着业主的死亡而自动消亡，而有限责任公司无限存续；
前者权益转让比较困难，后者容易转让所有权；
前者缴纳个人所得税，后者缴纳企业所得税和个人所得税；
前者难以从外部获得大量资金用于经营，后者融资渠道较多，更容易筹集所需资金；
前者组建公司成本低，后者组建公司成本高。

个人独资企业的优点：创立容易、经营管理灵活自由、不需要缴纳企业所得税。
缺点：承担无限债务责任，难以从外部获得大量资金用于经营，所有权的转移比较困难，企业的生命有限。

有限责任公司的优点：容易在资本市场募集资金，投资者风险降低，提高投资人资产流动性。
缺点：双重课税，组建成本高，存在代理问题。