与制度主义密切相关，比较制度分析与比较创新体系这两个很少进行交流的研究领域给比较经济学的新发展带来了活力。从这两个领域重要人物的论述中，我们可以归纳出它们之间所具有的四个共同特点。第一，它们一致认为，比较研究的对象是多样化的经济体制。全球化不会导致各国经济体制的趋同，相反，“今后的世界经济将成为不同的市场经济体制之间的竞争场所”（青木昌彦，1997），“为对付创新体系中的新范式，可能的制度形态是多样化的，这意味着国民经济持久趋异的可能性”(Ebner,1999)。第二，它们都强调制度重要。尼尔逊认为国家创新体系是一组制度，制度是创新体系效率高低的关键。第三，它们都采用了历史与比较的分析方法。青木昌彦虽然把比较制度分析与格雷夫等人建立的历史制度分析区分为比较现行制度和从过去的历史制度中寻求资料来分析制度，但因为历史方法的核心是把经济过程视作路径依赖、不确定和不可逆的，这无疑包容在青木昌彦所定义的比较制度分析之中。在创新体系的文献中，爱伯纳(Ebner,1999)认为，制度的多样性说明了比较研究的重要性，作为补充，历史观具有实质性的重要，这就是创新体系的历史与比较方法，称作比较创新体系。第四，它们都使用了情境与脉络特定的方法。青木昌彦指出，对于制度的多样性“不能由新古典经济学的演绎法得到满意的解释，而必须通过新的、相互联系的比较制度分析来研究。这种方法一方面需要收集不同经济的比较信息，另一方面需要在近年来发展起来的博弈论、合同理论和信息经济学的基础上建立‘情境和脉络特定的’微观模型”（青木昌彦，1997）。在创新体系文献中，伦德瓦尔认为，在历史经验、语言和文化上的基本差别反映了在创新体系诸要素如企业内部组织、企业关系类型、公共部门的作用、金融制度的结构、研究与开发的性质、组织和数量上的国家特异性(Lundvall,1992)；爱伯纳指出，通过把多样化与情境和脉络化(Contextualisation)的方法联系起来，创新体系文献持有这样的信念：如果从整体的和不可分的“格式塔”形态中观察经济现象，经济行为就镶嵌于具有多种变化可能性的社会关系之中。

但是，比较制度分析与比较创新体系存在着明显的不同。首先，即使是同样地使用了情境和脉络特定的方法，比较制度分析研究的是制度多样性的微观成因，而比较创新体系则着重于体制多样性对科技创新路径有何影响的比较研究。笔者认为，它们分别发展了前述型态模型的两个不同侧面。其次，比较制度分析主要是在技术给定条件下，研究制度多样性的起源；而比较创新体系则以技术变化为核心，研究新知识和技术变化与体制多样性的关系。最后，比较制度分析大量地使用了博弈论，而比较创新体系则几乎从不使用形式化的分析工具。这些差异说明两者具有很强的互补性。然而，由于所承继的学术传统不同，它们在未来发展的潜力上将会产生差异。
    比较制度分析继承了新制度主义的大部分研究成果，虽然它对后者提出了许多中肯的批评。这些批评是导致它与比较创新体系在研究方法上具有共同性的原因，这些共同性的原因实际上大部分都可追溯到老制度主义者那里。但有所不同的是，正如青木昌彦(2000)自己所指出的，比较制度分析“试图在一个统一的博弈论框架下分析制度多样性的源泉和影响，而不仅是（如老制度主义者那样）将制度整理分类”。青木昌彦对老制度主义的批评确实击中了要害。
    比较创新体系所承继的学术传统来自于熊彼特、老制度主义和德国历史学派。创新体系的概念最早是由弗里曼1987年在研究日本经济时明确提出的，但其概念渊源可以追溯到19世纪德国经济学家李斯特。李斯特的《政治经济学国民体系》(1841)强调了科学技术、教育以及制度创新对后进国家经济发展的重要性。比较创新体系理论框架的形成融汇了以下三个学派的成果：新熊彼特对技术变迁问题的研究，老制度主义关于知识与制度的深刻认识，以及历史学派对历史与比较方法的强调。比较创新体系研究方法的发展主要是基于近十几年来发展很快的国家和地方创新体系文献，而后者作为演化经济学的应用领域实际上是近年来非常流行的知识经济和网络经济研究的开拓者。由于知识结构的新颖以及与批判现实主义的某种一致性，它在未来更有发展前途。