独立样本t检验中，两组的样本是独立的，不是A1和B1来组队；配对样本中，实际上不是以一个对象为样本，而是以“一对”或“一组”对象为样本，例如A1—B1是一对，是一个样本。A1只能和B1来配，而不能和B2等其他来配对。
此外配对样本还涉及不同的时间的同一样本比较，例如一个班级中，每个同学同一门课程在两个学期的成绩对比。两个时间点，针对的是同一个人，其实就是下学期的A和上学期的A配对。