在原理上，分税制是一项联邦财税制度，世界上大多数市场经济国家均采用不同形式的分税制，然而这一制度在中国却发生“变异”，成为了中央实现经济集权的手段。作为分税制的首倡者之一，吴敬琏在晚年对这一制度的实行现状非常不满，在他看来，推行分税制的前提是必须清晰地划分中央与地方的事权和支出分配，然而这两项都被刻意地“回避”了。
首先是事权不清，特别是中央政府，将公共服务部分的大部分支出转嫁到了县以及县以下的政府头上，以2004年为例，地方财政收入占全国财政总收入约为45%，但财政支出却占全国财政总支出的约72%。在教育事业费上，中央财政支出219.64亿元，而地方财政支出3146.30亿元，是中央的14倍多；社会保障补助方面，地方财政支出是中央的近7倍；支农支出是中央的10倍。在中央把省里的部分税权上收的同时，地方也上行下效。
地市政府的财政税收上收到省里，而地市一级则把县乡财政税收上收到地市，其结果是，省级以下地方政府的财权只有余下不到17%的水平，却负担80%的民生和绝大部分公共事务的支出。由于“支出责任”的过度分散化，逼得地方政府不得不把自己变成“企业”去赚钱。
中央对地方一般性转移支付结构分析图中央对地方一般性转移支付结构分析图
其次是转移支付制度不完善，中央将大部分税收持于手中，却不公开财政支出细目，拒绝建立对话协商机制，应转移到地方的那部分从来不与地方讨论，不接受监督，而是以“项目建设”的方式落实，投资及决策权力集中于国务院的发展改革委员会及各大部委，地方政府毫无话语权，只好在北京设立“驻京办”，出现了所谓“跑部钱进”的恶劣局面。地方一“跑部”，中央的权威当然就至高无上了。
这两个问题，用直白的话说就是：地方把大部分的钱交上去了，但要花的钱却越来越多，中央把大部分的钱收上来了，但怎么花却从不跟地方商量。C.E。林德布洛姆在《政治与市场：世界的政治－经济制度》一书中曾揭示说，政治权力制度在更宏观的层面上为经济运行规定了一种基本环境，形成了所谓的“统率性规则”。基础于联邦政体的分税制在中央集权政体的中国发生“变异”，正是这一规则的生动体现。
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谢谢分享！这一段超有意思，原来驻京办是这样形成的
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