写个循环 ,大概这样的写法for(i in 1:n){ifelse(a[i,2]==a[i-1,2],1,a[i-1,2]+1)}

没看出啥规律啊

第一列是1的时候，有n行，第二列就分别用1,2,3,4，……，n。
第二列是2的时候，有a行，第二列就分别用1,2,3……a。有几行就编号几，依次类推。

> x<-c(rep(1,3),rep(2,6),rep(3,5),rep(4,4))
> x
[1] 1 1 1 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 4 4 4 4
> tbx<-as.numeric(table(as.factor(x)))
> y<-NULL
> for(i in 1:length(tbx))
+ {
+   tmp<-1:tbx[i]
+   y<-c(y,tmp)
+ }
> z<-cbind(x,y)
> z
      x y
[1,] 1 1
[2,] 1 2
[3,] 1 3
[4,] 2 1
[5,] 2 2
[6,] 2 3
[7,] 2 4
[8,] 2 5
[9,] 2 6
[10,] 3 1
[11,] 3 2
[12,] 3 3
[13,] 3 4
[14,] 3 5
[15,] 4 1
[16,] 4 2
[17,] 4 3
[18,] 4 4