我也有些困惑 如果数据有39个指标，从1997-2007年的，样本有三个，怎么来做主成分分析？

要想得到KMO和巴特莱特值的话，必须要求指标数不能超过样本要，你11个年份的样本，最多只能取10个指标进行测量，或者你增加样本数也可以

我回答二楼的问题：我想搞清楚你用主成分分析对这些数据做什么用？是对时间进行降维还是对指标进行降维？

做主成分分析的方法主要目的是降维，你提供的数据应该是高维多变量时间序列，通过主成分分析将原来的高位时间序列变量变换为低维的主成分变量，并将这个新的主成分变量作为新的时间序列变量进行建模。