egen maxvalue=max(value) if year>=2000&year<=2003
egen minvalue=min(value) if year>=2000&year<=2003
gen diff=maxvalue-minvalue

我猜楼主的意思应该是每个企业都要算一个最大值-最小值，而非所有企业中的最大值-所有企业中的最小值。所以，楼上的算法是后者，可能不是楼主想要的。所以，我建议应该这样写：
bys qiye:egen maxv=max(value)
bys qiye:egen minv=min(value)
gen diff=maxv-minv
这样，得到的结果就是每一个企业都单独有一个最大值-最小值的差。
而上面命令是假定你数据里面year只有2000到2003的数据, 而如果你也有>2003，或<2000的数据，则需要加上一个if限制条件，才能只计算2000-2003年的。命令如下：
bys qiye:egen maxv=max(value) if year>=2000 & year<=2003
bys qiye:egen minv=min(value) if year>=2000 & year<=2003
gen diff=maxv-minv

这样，其他的年份的就都为missing, 也就是.

bysort qiye (value): gen diff=value[_N]-value[1]

这个是根据企业的不同吗？因为有1000家企业（qiye）呢

是我疏忽了。需要在命令前面加上bys qiye: