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2016-01-19

Circos图,又称Chord Diagram,中文名“和弦图”,在基因突变的高大上文章中非常常见,主要用于快速查看个体基因突变位点的主要染色体分布区,以及不同染色体突变频率的分布情况。偶然间看到R绘制该图的方法,学习了一下,跟大家分享一下。


如下表是经过整理过的一个样板数据:


ID



Chr.1



Chr.2



Chr.3



Chr.4


  

1

  
  

105

  
  

450

  
  

92

  
  

96

  
  

2

  
  

20

  
  

46

  
  

78

  
  

33

  
  

3

  
  

118

  
  

553

  
  

94

  
  

317

  

4



100



18



108



104


简单解释即是:个体11号染色体上有105个突变位点,2号染色体上有450个突变位点,393个突变位点……

这张表如果用Circos图来表示如下:

图片1.png


真正的测序数据远比示例中的表格复杂很多,通常原始数据很可能是下面这样的矩阵形式:

矩阵图.png


不管你信不信,对于生物信息学的人来说,Circos图远比那张乏味的表以及上面这张毫无特色的矩阵图好看很多。


具体编码如下:

复制代码

欢迎交流,^_^


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2016-5-1 21:56:51
给楼主点赞!!!
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2016-5-2 21:46:28
代码怎么看不到?
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2016-5-7 21:13:00
thank you very much
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2016-6-14 15:10:57
能不能给个标注啊,有的函数还是不懂什么意思呢!
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2016-6-19 18:33:08
挺厉害的
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