X[which(Z<0.04)]<-"MISS"

> mydata$X[which(mydata$Z<0.04)]<-"MISS"
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, which(mydata$Z < 0.04), value = c(NA, NA,  :
  invalid factor level, NA generated
> mydata
     X Y     Z
1 <NA> m 0.010
2 <NA> m 0.001
3    c m 0.040
4    d n 1.220
5    e n 0.060
6    f k 0.790

好像还是不行 - -

你用which或者其它的都可以，包括下面的构建一个辅助变量：

原来的数据就让它保持原样，有Z2,你可以筛选出哪些是满足你的条件行，这样就可以了。
如果你要把那一行变成NA或者MISS，可以用循环解决。

如果非要这样做的话，可以用以下代码：
注意，data.frame里不能有factors型变量。