y$state <- factor(y$state)
y$color[y$state == 1] <- "green"
y$color[y$state == 2] <- "orange"
y$color[y$state == 3] <- "red"
dotchart (y$Index ,pch=20,cex=0.5, color = y$color)

大概是这样分三个组分别画吧，你自己测试下。

ycolor未被定义吧，怎么就直接用索引了？

我这里的y 是一列数值向量.

那你要不就按我的将y转换为数据框格式：
y$data <- as.data.frame(y)
colnames(y) <- c("data")
y$color[y$data == 1] <- "green"
y$color[y$data == 2] <- "orange"
y$color[y$data == 3] <- "red"
dotchart (y$data,pch=20,cex=0.5,color=y$color)

要不就定义一个记录每个点颜色的同样长度的向量color：
color2 <- factor(y, levels =c(1,2,3), labels = c("red","green","orange") )
然后再画图
dotchart (y,pch=20,cex=0.5,color=color2)
建议散点图用dotchart画，plot要设置格式参数par(),大部分时候不好用。

十分感谢！