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2017-02-11
我现在想通过R计算半数致死量,数据如下:
conc           nlive
1000000      0
100000        1
10000          8

conc列是毒物浓度,nlive为存活的动物数。每种剂量的动物总数为10只,总共三个浓度。

conc<-c(1000000,100000,10000)
dose<-log10(conc)
numlive<-c(0,1,8)
total<-cbind(numlive,10-numlive)
fit<-glm(total~dose,family = binomial)
library(MASS)
tmp<-dose.p(fit,p=0.5)
logld50<-tmp[1]
SE<-attr(tmp,"SE")
ld50<-10**logld50
ci<-10**(logld50+c(-1.96,1.96)*SE)
logld50
ld50
ci

参考了文献后设计了以上代码计算ld50,及其95%置信区间。但我想画一个以剂量为横坐标,以死亡率为纵坐标的“S”型曲线。这该如何实现呢?
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2017-2-11 20:53:01
或者还有其他R里的函数用来计算半数致死量么?
二维码

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2017-2-13 10:14:39
不明白什么是半数致死量
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2017-2-13 17:39:25
复制代码


@suzhzh:
According to wikipedia:
The median lethal dose, LD50 (abbreviation for "lethal dose, 50%"), LC50 (lethal concentration, 50%) or LCt50 (lethal concentration and time) of a toxin, radiation, or pathogen is the dose required to kill half the members of a tested population after a specified test duration. LD50 figures are frequently used as a general indicator of a substance's acute toxicity. A lower LD50 is indicative of increased toxicity.
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2017-2-14 13:44:34
zhangyangsmith 发表于 2017-2-13 17:39
@suzhzh:
According to wikipedia:
谢谢。代码没弄明白,您能给解释一下么?另外,能否画出半数致死量所在的水平线和垂线呢?
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2017-2-14 17:58:03
lanhong1993 发表于 2017-2-14 13:44
谢谢。代码没弄明白,您能给解释一下么?另外,能否画出半数致死量所在的水平线和垂线呢?
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