主体功能区的发展和演变对未来我国国土空间格局的形成、人口分布、经济布局、生态系统及生态文明建设等具有长期和重大的影响。本文从生态经济学的视角，以系统论的方法，对我国主体功能区规划的背景和依据进行解读，在此基础上提出了优化开发区的发展侧重以稳态经济思想为指导，重点开发区发展侧重以生态经济效率理论为指导，限制开发区发展侧重以生态经济和自然资本投资理论为指导，禁止开发区发展侧重以生态环境价值论和公共物品及外部性理论为指导的理论框架及对应的发展模式。