按总项目数排序（100个项目以上部分）
只列了重点项目较多的和知名度较大的单位，非全部名单排序，不排除总项目较多但未被列入的
| 单位 | 重点项目数 | 重点项目总金额 | 总项目数 |
| 浙江大学 | 10 | 1850 | 471 |
| 北京大学 | 16 | 2975 | 434 |
| 上海交通大学 | 10 | 1870 | 428 |
| 清华大学 | 18 | 3459 | 405 |
| 华中科技大学 | 8 | 1530 | 373 |
| 复旦大学 | 11 | 2010 | 320 |
| 中山大学 | 4 | 724 | 306 |
| 四川大学 | 4 | 760 | 269 |
| 武汉大学 | 4 | 725 | 268 |
| [size=+0]南京大学 | 11 | 1943 | 226 |
| 西安交通大学 | 6 | 1143 | 212 |
| 哈尔滨工业大学 | 4 | 790 | 209 |
| 山东大学 | 3 | 585 | 208 |
| 中国人民解放军第四军医大学 | 6 | 1068 | 186 |
| 中国科学技术大学 | 8 | 1510 | 184 |
| 东南大学 | 3 | 575 | 170 |
| 南开大学 | 6 | 1189 | 163 |
| 中国农业大学 | 5 | 910 | 141 |
| 北京航空航天大学 | 2 | 380 | 138 |
| 厦门大学 | 8 | 1345 | 137 |
| 天津大学 | 4 | 720 | 134 |
| 华南理工大学 | 5 | 950 | 130 |
| 中国人民解放军军事医学科学院 | 5 | 884 | 124 |
| 北京理工大学 | 4 | 890 | 120 |
| 北京师范大学 | 7 | 1280 | 114 |
| 上海大学 | 3 | 600 |
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