马寅初发表《新人口论》距今已经三十多年了，在此期间，科技进步一日千里，经济增长极其迅速，人口学、经济学的理论逐渐完善和成熟，人们的认识也不断深化，现在看来马寅初的理论是错误的，囿于时代限制，他的对于经济发展、人口增长等问题不够深入，谬误颇多，下面笔者站在今天的角度，一一剖析其不足之处。
他是经济学家，但在建国初期没有也不可能跳出计划经济的思维模式，进而导致了他产生了计划生育的想法。在计划经济下，政府控制了一切资源，效率低下，物资匮乏，又包办一切，理所当然地把人口当成是负担，其实这一切的根源是不合理的制度造成的，资源丰富、人口稀少的前苏联，70年代却连最基本的日常生活资料都严重缺乏，即是明证。他没有认识到消费的积极作用，把消费和积累对立起来，认为“消费多了，积累就少了”，企图通过减少人口压低消费来积累建设资金，这完全是计划经济的思维。消费是经济增长的发动机，人口减少，消费不振，则税收减少、经济低迷、财政困难等一系列的问题，不利于资金积累和经济增长。
今天来看马寅初的人口增长理论及其假设已经完全落空。马寅初在1957年曾经说过说：“如果以每年人口增长百分之三预算，1968年中国人口将达到8亿，1971年将达到9．8亿，50年后（即2007年）将达到26亿”。 事实上中国在1980年才刚刚突破10亿人口，人口增长率已经下降到1.19%。2007年中国人口为13.2亿左右，按照计生委的说法是少生了四亿人口，那么即使不实行计划生育中国也只有17亿左右的人口（有人论证其实只少生了2.3亿左右的人口），与马寅初的26亿人口相去甚远，误差达到近10亿左右，可见马寅初当初的假设并不成立。再如他举上海的例子，认为“城市的增殖率高于乡村；上海一地的增殖率是39‰，城乡平均起来每年增加20‰”，可是现在的上海已经是世界上生育率最低的城市之一，生育率连0.8都达不到。
事实表明，人口增长有自己的调节机制，不会无限制的快速增长，在古代生育率高，但战争、疾病、饥荒等因素导致死亡率也很高，而近现代随着科技进步、国际形势的缓和，死亡率大大下降，但由于城市化的推行，生活成本的提高，享乐主义风行，节育方法的普及，人们的生育率不断下降，越来越多的国家和地区的生育率已经低于世代更替率，人们应该关注的是人口结构的老化和人口数量的减少，担心人口爆炸是杞人忧天。以文化、人种相近亚洲国家和地区为例，韩国、新加坡、我国台湾地区60年代初期生育率高达5-6，而现在韩国和我国台湾地区生育率在1.1以下，新加坡的生育率也低于1.3。
50年代，全球化尚不明显加上冷战的影响，中国立足于国内，独立自主、自力更生建设国家，较少的参与国际贸易和分工，马寅初在《新人口论》特别提到从工业原料和农业生产的角度需要控制人口。当今世界全球化蓬勃兴起，资本、人力、资源的流动已经跨越了国家、地区而在全球范围内加速流动，全球经济日趋一体化、趋同化，通过贸易的比较优势可以获得更为廉价的工业原料和农业产品 ，单纯比较本国的人均资源拥有量没有意义。改革开放后凭借劳动力优势我国成为世界工厂，大量进口各种初级资源，经过加工后大量出口工业制成品，并且换取了巨额的外汇，解决了资源相对不足的问题，可见人口本身就是财富和最为宝贵的资源，拥有充足的劳动力更容易解决马寅初所说的工业原料和农业问题。
马寅初认为，国家理应有干涉生育控制人口之权，这一点性质极为恶劣，目前世界上已经达成共识，生育权是最基本的人权，政府可以倡导，但无权暴力干涉，虽然中国政府在推行计生政策时无所不用其极，但对外宣称中国的计划生育“是民众自愿的”。1968年德黑兰人权会议指出，作为一项基本人权，夫妻有自由决定生育子女的数目和间隔的权利；1974年8月在布加勒斯特举行的第一次世界人口会议上指出，在发展过程中人口目标政策、夫妻和个人有权自由地和负责地决定生育子女的数目和间隔。马寅初提出的国家干预生育其实是冒天下之大不韪，正如学者秋风所说：“如果政府可以强制人民改变自己的生育模式，那么政府强制马寅初的观点有什么不对吗？政府可以强制人民改变生活模式，为什么不能强迫他的观点，他后来的遭遇，完全是自食其果。”
马寅初没有考虑到老龄化的问题，更不可能预料到老龄化的负面作用，只考虑了人口数量，忽视了人口结构。控制生育减少了社会上出生的婴儿数量，但却不能减少老人的数量，加速了社会老龄化的进程，破坏了人口的年龄结构，得不偿失。老龄化的社会将带来一系列的负面影响，包括消费萎缩、劳动力减少、社保负担沉重、经济总量减少、人均收入降低等等极为严重的后果，目前中国人口危机已经出现冰山一角，这恐怕是马寅初始料不及的。
马寅初在《新人口论》中特意提到他与马尔萨斯的不同，“马尔萨斯从掩盖资产阶级政府的错误措施出发，我则从提高农民的劳动生产率，从而提高农民的文化和物质生活水平出发，” 他举例如下：“假定每座旧式的仓库需用300个劳动力………尚且要花一年半的时间才能晒完。而现在每座只需15个技工就能完成。就是只要原来人数的二十分之一就可完成任务了。其余二十分之十九的人是多余的。………那二十分之十九的人的物质和文化生活，用什么方法来提高呢？，“我深信社会主义事业愈发展，机械化、自动化必然随之扩大，从前1000个人做的事，机械化、自动化以后，50个人就可以做了（假定到处都是二十分之一），请问其余950人怎么办？因此，我就考虑到人多，就不能很快地机械化和自动化”。这不过是英国工业革命后机器导致工人失业论调的翻版而已，既不新颖，也不正确。事实上第一产业和第二产业实行了机械化和自动化后，所需工人数量的确大大减少，但由于第三产业的兴起，吸纳了更多的社会劳动力，扩大了社会消费需求，提高了人们的生活水平，解决了多数人就业的问题。现在发达国家的第三产业的产值和就业人数都占总产值和总就业人数的一半以上，以美国为例，2005年，第一、二、三次产业就业人口比重分别是1.6、20.6、77.8，三大产业的产值比重也基本与就业比重相当。
马寅初在《新人口论》中还提到：“照目前的计算，国家在每个孩子的教育及就业装备上要支出1万元上下。一般人往往不够了解，一个孩子要求家庭的开支，还抵不上要求国家的开支大，因此国家理应有干涉生育控制人口之权”，这个论断让人大跌眼镜，我们知道，教育上的投资是国家应尽的义务，而且也是一种高额回报的投资，有人计算过，国家在教育上每投入1元钱，则将来的社会回报是5元，台湾在经济起飞阶段，ＧＤＰ的１２％到２２％都投入了教育，中国大陆什么时候达到过这个比例？马寅初先生在教育投入上为什么不参照一下台湾？
马寅初的中心思想是通过减少人口，减少人口的消费，节约资金和农业产品，加快积累，从而推进工业、农业建设，提高科技水平，这个方法是行不通的。50多年前他的人口控制理论虽不正确，倒也情有可原，我们不能求全责备，苛求先贤，拿今天的标准要求50年代的马老，可是今天再把他的理论作为金科玉律推崇备至则是大错特错了，而把错误的理论付诸实践则是错上加错了。