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2018-06-23
以下为源代码:

# 读取taxonomy,并添加各列名称
taxonomy = read.delim("rep_seqs_tax.txt", row.names= 1,header=F, sep="\t")
colnames(taxonomy) = c("kingdom","phylum","class","order","family","genus","species","evalue")
# 标记差异OTU类型
x$level = as.factor(ifelse(x$sig==1, "enriched",ifelse(x$sig==-1, "depleted","nosig")))
x$otu = rownames(x)
# 转换Pvalue为负对数
x$neglogp = -log(x$PValue)...


完整版如下:


上面是网络上的源代码,一直想用自己数据试试,但是运行到第二步老是出错。
360截图20180623162644931.jpg
是没有定义x么?如何解决?求教各位大神,刚刚接触,想学做个曼哈顿图进行生信分析,瞎忙了两天没有点进展根据网络教程所述最后运行成功的图如下:
360截图20180623163022179.jpg
附上源文件:
rep_seqs_tax.txt
大小:(90.73 KB)

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2018-6-23 21:37:13
按照你的代码,变量“x”是忽然出现的,没有该变量存在。
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2018-6-23 23:44:31
good observation
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