都是做图的包。ggplot 更出名些

时间充足的，推荐把两者都学了！
时间有限的，选择ggplot2吧，除了绘图速度有些慢，在图形外观、定制图形元素、统计变换、专业性、输出效果方面是最好的！
说到语法，ggplot2与R中其它绘图包都不是一个套路，它有自己完整的、独特的一套语法，用心去练习，掌握规律了就会得心应手。
相比之下，lattice的绘图更简洁、速度更快，但是深入学习下去，它的语法可是不如ggplot2容易掌握（个人感觉）……
这两大包也有很多其它R包在引用或是依赖它们，尤其ggplot2，关于它的各种扩展包最多了，CRAN上gg打头的包一堆，几乎都与它有关。

ggplot在三维图和地图方面很不方便，有没有推荐的包

我才学完ggplot2

统计分析里，三维图用的真不多……ggplot2的作者Hadley大神也就没在其中加入三维绘图，因为三维图在展示数据特征以及关系上不如二维图更清晰简明。
R里常用的三维图包有plot3D、rgl等；要说绘制三维图，Mathematica和Matlab都更强大……
关于地图绘图以及地理信息化，R也有专门的包，但我个人是用Tableau这个更方便的平台的。
很多时候，一个平台是不够用的，所以真正的数据分析专家或数据科学家都是R、Python、JAVA、C++，Matlab、MMA、Excel、SAS、SPSS、Tableau等等都会一些，其中有精通的，也有一般掌握的，各取所长！