对于任意一个表达谱中的基因 G:
如果G是集合GL中的基因则他的ES等于 该基因的表达水平除以SG
否则 记该基因的ES等于 1除以(基因集合BG总个数减去NC)
依次计算每个BG中的基因的ES值,找到其中绝对值最大的ES作为通路A的A.ES
到此 通路A的ES计算完毕,我们需要一个统计学方法来评估该ES是否是显著的,即非随机的
我们按照上述计算ES的方法,先随机打乱表达谱中基因的表达顺序,然后再依次计算ES值,如此重复一千次,得到一千个ES值,我们根据这一千个ES值的分布,来计算A.ES在这个分布中所处的位置及出现在该位置时的概率即得到了p值.
我想知道这个P值计算如何用R实现???