mat = matrix(0:15, nrow = 4, ncol=4)
rownames(mat) = colnames(mat) = letters[1:4]
mat[mat==0]=max(mat)+1

inds = which(mat == min(mat), arr.ind=TRUE)
min(mat)

可以把你的问题描述的再仔细些，矩阵里是否有负数（如果非负数，0处理了是否还需要还原？），最好给个小例子。

谢谢大神！是这样，矩阵量比较大，至少10万+单元，矩阵中均为非负数，但是0值比较多，然后需要找出整个矩阵中非0的最小值，依据最小值填充0值再后续分析，所以0值还是要保留的。非常感谢