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企业设立形式有区别，合资经营一般采取股权制，合作经营一般采取契约式。合作期满后，剩余资产的分配也存在一定区别。

合资企业与合作企业之间虽有许多相似、甚至相同之处，但二者仍有着基本的差别，即合资企业是股权式组织，而合作企业是契约式组织。合资企业各方的各种投资形式包括现金、设备、厂房、技术、土地使用权等都要以同一货币单位计算股权，利润的分享和风险的承担都以股权为依据，合营期限也比较长。而合作企业合作各方提供的现金、设备、土地、技术、劳动力等不作为股本投入，利润的分配完全依据各方签订的协议，合营期限一般比合资企业短。从组织形式上看，合资企业必须是具有法人资格的企业，而合作企业则可以是不具有法人资格的组织。中外合资经营企业和中外合作经营企业，是根据我国法律，按照平等互利原则，经我国政府批准由外地人或港、澳、台公司、企业、个人同我国公司、企业共同投资兴办的合营企业。 区别在于：中外合资经济企业是按股份公司形式设立的“股权式”合营企业。合营双方共同投资，共同经营，共担风险，共负盈亏，按股份红。合营双方由投资数额的大小确定股权，投资数量大，股权就大，在收益分配中所得的份额就多，担负的风险也大， 中外合作经营企业则是一种“契约式“合营企业，双方按协议确定投资方式、各主责任和收益分配比例。这类企业一般由我方提供场地使用权、资源开发权和厂房设施等作为投资，外方合作者提供先进技术、资金和设备作为投资。双方合作期满，按规定，企业的全部资产都归我方所有。

简言之，组织形式，出资方式不同

还有就是，中外合作企业，如果合作合同中约定，公司固定资产归中方的话，经过外经贸委及相关机构的审批，外方可以先行撤回投资，这个是管理上相对就、比较灵活的地方，但是，中外合资企业的撤资就要受到严格的限制。
法律组织形式上也不同，中外合作企业可以是法人，也可以是联合管理机构，但是，中外合资企业只可以是有限责任公司。
二者还有点不同就是，利润分配上不同，中外合作企业更多地是人和，也就是说，合作合同中可以就分配利润，债务承担等作出约定，但是，中外合资企业就没有这么大的自由，出资一旦完成，即成为公司的资产，公司作为独立法人一期资产对外独立承担责任，如果负债是以公司的全部资产清偿的，不如合作企业保护地有利。