南京银行的资产质量在同业中十分优秀，已经暴露的不良贷款比率在城商行中仅高于宁波银行，未暴露的潜在不良控制水平也处在同业前列的水平。在不良率上，截至 2019 年一季度末，南京银行不良贷款率达 0.89%，在城商行中第二低，在所有上市银行中也是仅有三家不良率低于 1%的银行之一。在潜在不良上，截至 2019 年一季度末，南京银行关注类贷款占比达 1.44%，仅高于宁波银行（0.64%）和杭州银行（1.07%）；而逾期 90 天以上贷款占比在 2018 年末达 0.84%，也仅高于宁波银行（0.64%）。
在趋势变化上，南京银行不良率控制常年保持相对稳定，而潜在不良情况呈持续改善态势。从 2010 年开始，南京银行的不良率就进入了不超过“1%”的水平，并且连续 8 年均控制得非常好。作为两家资产质量最为优秀的城商行，南京银行和宁波银行的不良率指标在 2012 年开始一直不相上下，差距不超过10 个 BP，甚至南京银行在 2015 年至 2017 年期间还要低于宁波银行，直到 2018 年开始两家银行差距有所拉大，年底南京银行不良率已经低于宁波银行 11 个 BP。主要原因在于，2018 年南京银行不良率出现小幅上升，幅度3 个 BP，而宁波银行不良率反而下降，幅度在 4 个 BP。
在关注类贷款贷款占比上，南京银行从 2012 年开始就呈稳步下降趋势。2012 年一季度，关注类贷款占比最高达 3.00%，但到 2018 年三季度末已经降至 1.43%，7 年间降幅达 158 个 BP。虽然一直高于宁波银行，但与宁波银行相比，南京银行关注类贷款占比下降的趋势更加稳健。

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