地理探测器既可以检验单变量的空间分异性；也可以通过检验两个变量空间分布的一致性，来探测两变量之间可能的因果关系。
许多地理现象是多因子交互作用的结果。但是，多因子交互作用识别是一个理论难题，缺少有效方法。王劲峰等提出了“因子力（Power of Determinant）”度量指标，结合GIS空间叠加技术和集合论，形成“地理探测器”模型，可以有效地识别多因子之间的关系：独立还是交互？交互增强还是减弱？线性还是非线性交互？拮抗？ 以和顺地区神经管出生缺陷（NTD）为例进行了实验，发现研究区的原生环境强烈控制了NTD的发生，营养缺乏比杀虫剂和化肥施用对该地的NTD贡献率更大，地质断裂关联物质与地形组合极大地增加了该地的NTD发生风险。这些发现为研究区的NTD干预和防控提供了重要线索。