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数据科学（Python/R/Julia）数据分析、机器学习、深度学习

        1. channels 使用

        需要注意的是做生信分析的童鞋使用 conda 环境时一定要特别注意 conda channels 的设置，滥用 channels 很有可能会导致你的软件升降级（甚至环境）错乱。推荐设置如下（~/.condarc）：

channels:  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge  
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda   
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main  
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free  
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r   
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro   
- defaults show_channels_urls: true

• mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
• 是清华大学提供了一个 conda 的镜像；
• mirrors.ustc.edu.cn/anaconda
• 是中科大 conda 镜像，有需要的也可以使用；
• 生信软件 channel：mirrors.tu na.tsing hua.edu.cn/ana conda/cloud/bioc onda；
  

从 2019.04 起清华大学和中科大宣布停止 Anaconda 镜像服务，但是出于教育科研机构使用的前提，在 2019-05-15 清华大学又宣布重新恢复了 Anaconda 镜像！

        因此原来使用国内镜像的 conda 可以根据自身需求决定是否需要变更新的 channels：

channels:  - conda-forge   - bioconda   - main   - free   - r   - pro   - defaults show_channels_urls: true
2. 软件安装使用

conda 环境下的软件尽量使用 conda、pip 命令去安装。但同时也产生了一个问题，即 conda 中安装了 R，有些使用了 install.packages(),install_github,biocLite 等方式安装的 R 包，在环境迁移的时候，这些包如何迁移？

3. 环境激活

conda 4.6.x 切换环境使用的是：

$ source activate bio-base

        conda 4.7.x 后切换环境变成了：

# To activate this environment, use: > conda activate bio-base # To deactivate an active environment, use: > conda deactivate

问题是，conda-4.7.x 使用推荐的命令切换环境，还要你 init 初始化一下 conda，不想 init 的话可以用回 4.6.x 的方式切换环境：

$ conda --versionconda 4.7.5
$ conda activate bio-baseCommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.To initialize your shell, run   
$ conda init <SHELL_NAME>Currently supported shells are:  - bash  - fish  - tcsh  - xonsh  - zsh  - powershellSee 'conda init --help' for more information and options.IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.
$ source activate bio-base(bio-base) shenweiyan@ecs-steven 10:49:59 /home/shenweiyan$ which python/Bioinfo/Pipeline/SoftWare/Anaconda3/envs/bio-base/bin/python
$ source deactivate bio-baseDeprecationWarning: 'source deactivate' is deprecated. Use 'conda deactivate'.shenweiyan@ecs-steven 11:03:40 /home/shenweiyan$ source activate bio-base(bio-base) shenweiyan@ecs-steven 11:03:50 /home/shenweiyan
$ conda deactivate(bio-base) shenweiyan@ecs-steven  11:03:57 /home/shenweiyan$
4. 环境导出与恢复

        使用 conda 命令安装的包，都可以使用下面的命令导出依赖包/环境并批量恢复：

# To create a requirements.txt file
# Gives you list of packages used for the environment conda list  
#Save all the info about packages to your folder conda list -e
> requirements.txt  
# To export environment file activate
<environment-name>conda env export >
<environment-name>.yml
# For other person to use the environment conda env create -f
<environment-name>.yml # Install via `conda` directly.
# This will fail to install all dependencies. If one fails, all dependencies will fail to install. conda install --yes --file requirements.txt # To go around issue above, one can iterate over all lines in the requirements.txt file. while read requirement; do conda install --yes $requirement; done < requirements.txt
5. R 与 R 包安装

R Essentials 软件包包含 IRKernel 和 80 多种最流行的数据科学 R 软件包，包括 dplyr，shiny，ggplot2，tidyr，caret 和 nnet 等。

5.1 biocLite

Bioconductor 镜像使用帮助：

• Bioconductor 镜像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。
• 在文末添加如下语句：
  

#清华大学开源镜像 options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

• 也可以在安装过程中指定镜像：
  

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #指定一个离你最近的国内镜像 options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("包名")

biocLite 包批量安装：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
> data = read.table("r-biocLite.txt",  header=T, check.names=F, quote="")
> head(data)   
biocLite_Packages_Name1               
RSQLite2               
KEGGREST3                    
png4                  
Rcpp5                 
digest6         
AnnotationDbi
> soft = as.vector(data[,1])
> biocLite(soft)
5.2 install.packages

install.packages()所有 R 包：

> data = read.table("r-packages.txt",  header=T, check.names=F, quote="")
> soft = as.vector(data[,1])
> install.packages(soft)
6. 特别注意的软件
6.1 gcc

对于使用 conda install --yes --file requirements.txt 重装某一个环境的所有软件时，如果软件中包含了 gcc，安装了 R 后，在使用 R 时会可能会引发错误：

/path/to/SoftWare/Anaconda/v2/lib/R/bin/exec/R: /path/to/SoftWare/Anaconda/v2/lib/R/bin/exec/../../lib/../../libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by /path/to/SoftWare/Anaconda/v2/lib/R/bin/exec/../../lib/libR.so)
6.2 glibc

                glibc 是 GNU 发布的 libc 库，即 c 运行库。glibc 是 linux 系统中最底层的 api，几乎其它任何运行库都会依赖于 glibc。glibc 除了封装 linux 操作系统所提供的系统服务外，它本身也提供了许多其它一些必要功能服务的实现。由于 glibc 囊括了几乎所有的 UNIX 通行的标准，可以想见其内容包罗万象。而就像其他的 UNIX 系统一样，其内含的档案群分散于系统的树状目录结构中，像一个支架一般撑起整个作业系统。在 GNU/Linux 系统中，其 C 函式库发展史点出了 GNU/Linux 演进的几个重要里程碑，用 glibc 作为系统的 C 函式库，是 GNU/Linux 演进的一个重要里程碑。         

        有一些软件对于 glibc 的版本会有要求，如 cnvnator-0.3.3 要求 glibc >= 2.14。虽然在 anaconda 中有很多 channel 都提供了 glibc，但千万注意一定要注意不要轻易去安装，否则有很大的概率会导致整个环境挂掉，甚至会导致当前环境中的 conda、python 出现动态库混乱错误，恢复起来相当麻烦！

        我在《一次"胆战心惊"的真实集群运维经历》记录了 gblic 的一些集群吐血经历，感兴趣的可以了解一下。

7. 什么时候使用 Anaconda

对于 Anaconda(conda) 软件安装以及依赖解决的原理，我对这个黑盒子表示一头雾水。真实的情况是，如果在一个环境中安装了几百个软件(包)，再去新装软件，这时候 Anaconda 常常会卡在 Collecting package metadata 和 Solving environment 过程中，甚至一个晚上都没法解决环境的依赖。

conda 官方说他们在 conda-4.7 中花了很多的精力去提升了 conda 的速度（参考官方文章：《How We Made Conda Faster in 4.7》），但从 4.6 升级到 4.7 过程很容易导致环境崩溃，修复起来极其麻烦（反正我折腾了一个晚上都没能把我的 base 给恢复回来，吐血的经历）！

        对于新手而言，Anaconda 的确是非常简单易用，如果对于多用户的服务器端，或者是提供公共使用的软件库是否需要采用 Anaconda，个人觉得的确需要慎重考虑一下，最起码需要考虑：

•                 是否需要根据流程划分环境？如果每个流程都需要使用 Python+R+Perl，每个环境都安装这三个软件（包），如何避免空间浪费？
•                 需要考虑如何备份和恢复环境。万一某个环境崩溃，有什么快速替代的方案而不影响业务。
  

        或许还有更多的问题，这里没有列出来，如果大家有什么更好的想法或者建议，也欢迎留言交流。

anaconda 使用的一些体验与困惑——AIU人工智能学院

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