原矩阵A，shuffle后矩阵B：
B=A #复制矩阵
colnames(B)<-sample(colnames(A),dim(A)[2]) #随机取A矩阵列名作为B矩阵列名
rownames(B)<-sample(rownames(B),dim(A)[1]) #B矩阵行名
#以上是行名列名顺序不同的方法
#如需要行名列名顺序相同，只需将sample的序列赋值给中间向量，再用中间向量作为行名和列名即可

非常感谢您的回复！我在执行上述命令时报错了，Error in sample.int(length(x), size, replace, prob) :
  invalid first argument，不太明白是怎么回事。

另，我确实需要得到shuffle后行名和列名顺序相同的矩阵。您告诉了方法，但我不知道具体该怎么实现。可以麻烦再说细一点吗？耽误您时间了，谢谢！

不好意思，种菜去了，才回来。
之前的，只是个示例，报错的原因可能是你没改成你的矩阵名称。
按照你的要求，重写了一下，仍然只是示例，因为我也不知道你的原矩阵是什么，你只要把代码中的A改成原矩阵的名称就可以了，另外你的原矩阵必须有列名和行名才行。

a<-matrix(runif(100,1,100),10)
colnames(A)<-c("A2","b3",letters[3:10])
rownames(A)<-c("A2","b3",letters[3:10])
#以上是建一个示例矩阵，与你要做的任务没有关系，
#以下的代码才是你需要的，只要把代码中的两处A改成你的矩阵名就可以

shuffle<-sample(colnames(A),dim(A)[2]) #随机取A矩阵的列名作为B矩阵行列名
B=A #复制矩阵
colnames(B)<-shuffle
rownames(B)<-shuffle

问题解决了，非常感谢您的耐心回复。我晚上在做实验，刚补觉起床，再次感谢！

兄台，您好！
请教一下，如何实现保持矩阵行、列名称不变(对称矩阵)，个体自身之间的值始终为0(对角线始终为0)，打乱不同个体间的数值呢？如下图所示。我只会按行或列打乱数据，但那样的话，矩阵结构就变了，就不是对称矩阵了。不知道我讲清楚了没。

麻烦您不吝赐教，谢谢！