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2020-07-26
画图R报错,求助大佬该怎么解决?
library(rms)
setwd("C:\\immCeRNA\\19.geneNomo")                         #设置工作目录

#TCGA列线图绘制
riskFile="geneRisk.txt"     #风险输入文件
outFile="Nomogram.pdf"      #输出列线图文件名称
risk=read.table(riskFile,header=T,sep="\t",check.names=F,row.names=1)        #读取风险文件
rt=risk[,1:(ncol(risk)-2)]

#数据打包
dd <- datadist(rt)
options(datadist="dd")
#生成函数
f <- cph(Surv(futime, fustat) ~ ., x=T, y=T, surv=T, data=rt, time.inc=1)
surv <- Survival(f)
#建立nomogram
nom <- nomogram(f, fun=list(function(x) surv(1, x), function(x) surv(2, x), function(x) surv(3, x)),
    lp=F, funlabel=c("1-year survival", "2-year survival", "3-year survival"),
    maxscale=100,
    fun.at=c(0.99, 0.9, 0.8, 0.7, 0.5, 0.3,0.1,0.01))  
#nomogram可视化



报错:> #数据打包
> dd <- datadist(rt)
> options(datadist="dd")
> #生成函数
> f <- cph(Surv(futime, fustat) ~ ., x=T, y=T, surv=T, data=rt, time.inc=1)
Error in cph(Surv(futime, fustat) ~ ., x = T, y = T, surv = T, data = rt,  :
  找不到对象'n'
> surv <- Survival(f)
Error in Survival(f) : 找不到对象'f'
> #建立nomogram


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