科斯等人为代表的新制度经济学，沿用新古典主义经济学的核心假设、方法和工具，并在有限理性、效用最大化、机会主义等假设基础上，重新研究和估价市场配置资源所必须依赖的制度条件。该学派利用交易费用基本范畴与工具，将制度经济学与新古典经济学的理论方法有机地结合起来，研究包括法律、企业组织和社会政治文化等制度在内的“生产的制度结构”，从而把新古典经济学的研究领域从人与自然之间的生产活动拓展到人与人之间的交易活动，并以产权、交易费用、经济组织等作为关键性的解释变量，侧重从微观和个人主义角度分析研究制度的构成、运行以及制度在经济生活中的作用。科斯传统新制度经济学围绕制度演进和市场力量之间的相互作用这一核心论题，力图将标准的新古典理论和方法运用到非标准领域，集中于交易费用和产权、政治经济学和公共选择、数量经济史、认知意识形态和路径依赖等四个研究领域，促进新古典价格理论的丰富和发展。到目前为止，它已滋生出数个理论分支。大体上看，笔者认为，其理论体系可以分成四个基础理论分支与数个扩展和应用理论分支。
  
　　从基础理论看——(1)产权理论。它是科斯传统新制度经济学体系的基本主题与研究问题的基本出发点。它主要研究产权的性质与结构、产权的起源与功能以及产权制度的效率比较和产权制度的演变，其中心旨意是说明如何通过明晰、调整产权安排，以降低交易费用，提高资源配置效率(参见：科斯等，1996)。(2)交易成本理论。它是科斯传统新制度经济学体系的基本分析方法和工具，也是整个新制度经济学的理论基石。其主要内容包括交易成本的内容，其决定性因素与如何测度，交易的契约安排，交易类型与相匹配的最经济的规制结构关系，交易费用与纵向一体化和经济组织形式(特别是公司)的内在关系等(迪屈奇，1999；克劳奈维根，2002)。交易成本理论是连接制度分析与新古典理论的至关重要的桥梁与纽带。(3)制度变迁理论。它是科斯传统新制度经济学体系的核心部分。其内容主要是探讨制度的起源、构成和功能，影响制度变迁的主要原因，制度变迁的主体、动力、方式、过程和类型以及制度变迁的路径依赖等，旨在说明制度因素在经济发展中的作用(参见：科斯等，1996)。(4)合同或契约理论。它是科斯传统新制度经济学体系中连接基础理论与相关微观应用经济分析领域的纽带，也是拓展新制度经济学分析领域的基本工具和方法。它可以分成委托代理理论和不完全合同理论两个发展阶段。委托代理理论是以信息经济学为基础，以研究制度激励约束为核心的新制度经济学中的一种较为独立的分析方法和理论。该理论一方面分析研究公司管理行为的各种代理问题以及由此而产生绩效报酬、所有权结构等问题(陈郁， 1998)；另一方面，揭示代理成本与各种“分离与控制”问题的关系，并通过隐藏行动和隐藏信息两类信息不对称下的委托——代理博弈模型分析，研究各种委托——代理关系的性质，由此得出一些如何进行最优机制设计的理论对策结论(科斯、哈特、斯蒂格利茨等，1999)。不完全合同理论主要是研究由于未来世界的不确定性、文字含义的差异以及知识分布的不对称等原因而产生的合同不完全性，以及由此引发的权力和控制的有效配置问题。
  
　　从科斯传统新制度经济学相关扩展学科理论分支看，主要有：(1)新经济史学。托马斯、诺斯等人围绕制度、制度结构和制度变迁这一主线，把产权、国家和意识形态作为影响历史进程的三个基本因素，引入到历史分析之中，构造了一套以制度理论为核心、超越纯经济领域的经济史研究的独特框架，从而形成了新经济史学。新经济史学主要从比较角度研究制度的产生、发展及其在经济发展过程中的作用的历史。其中心命题是说明技术变化只是一般的经济发展问题的某种表现，经济发展问题只有通过比较和分析制度变迁才能解决(参见：托马斯、诺斯，1973，1994等)。(2)公共选择理论。布坎南、奥尔森等人创立的公共选择理论，运用主流经济学的成本——收益分析法，将人类的经济行为和政治行为统一起来，分析**决策行为、民众公共选择行为等非市场决策或集体行动中的制度规则特点与制度规则的选择，以及因集体行动而引发的寻租及分配联盟或勾结问题。这一理论主要涉及的问题有国家理论、政党的政治学、官僚主义等(参见：Olson，M，1980； Buchanan，J.M，1986)。通过这些问题的研究，使新制度经济学的制度研究由经济制度拓展到政治制度，从而更有利于把握人类经济活动中的“制度环境”之特征。(3)法经济学。它围绕财产、合同和侵权等普通法中的中心内容，以经济学的“效率”为核心衡量标准，采用主流经济学的基本理论与方法，研究特定社会的法律制度、法律关系以及不同规则的效率(波斯纳，1997；考特和尤伦，1991)。其研究的主要目的是“使法律制度原则更清楚地显现出来，而不改变法律制度(波斯纳，1997，第25页)。法经济学的研究，一方面拓展了经济学的研究领域；另一方面，细化和一般化了新制度经济学关于“正式规则”与“实施机制”的研究。
  
　　科斯传统新制度经济学在将基础理论应用于微观经济组织分析过程中，相应地产生数个应用理论分支，主要有：(1)现代企业理论。它主要分析研究企业的性质、起源、产权关系与治理结构等企业“生产的制度结构”问题的产物。其基本观点主要是：企业是作为市场失灵的一种制度适应，是一种“契约关系”的联结；交易费用是企业规模变动的决定因素；企业内部的产权关系与治理结构关键在于合理配置“剩余索取权”和“控制权”，寻找两者之间的合理搭配与最佳结合点，从而构造有激励效应的企业所有权结构等。(2)经济组织理论。它认为经济组织问题的核心是要根据不同的治理结构来选择具有不同属性的交易方式，以节省交易成本。其主要研究内容是：关于企业组织存在的合理性和有效性问题的分析；关于纵向结构和横向结构等组织形式的解释；关于所有权结构和组织形式选择、合同关系治理与激励机制选择、并购重组等所有权重组和最优资本结构选择等组织行为问题的探讨等。(3)现代金融契约理论是新制度经济学家在放松MM定理中的厂商与投资者没有不对称信息的基本假定下，运用代理理论和不完全、不对称信息理论，研究企业融资决策中如何根据自己的目标函数和收益成本约束，探寻能够实现企业融集资金运作成本最低与承担风险最小的最合适的资本结构或金融契约行为。它主要研究：不同的融资方式对企业市场价值的影响；不同的企业资本结构对剩余控制权配置的重要影响；在竞争的资本市场中公司控制权与资本结构之间的关系以及在企业接管活动中的金融契约选择；信贷配给与企业资本结构的关系以及如何运用信贷配给契约将贷款中发生的逆向选择和道德风险降到最低限度；中介存在的理由与在消除金融契约行为中信息不对称上具有的规模效应，等等。