（1）衔接不确定性。企业与企业之间（或部门之间）的不确定性，可以说是供应链的衔接不确定性，这种不确定性主要表现在供应链企业或部门之间的合作上。要消除供应链的衔接不确定性，需要增强企业之间或部门之间的交流与沟通。
（2） 运作不确定性。系统运行不稳定是由于组织内部缺乏有效的控制机制所致。控制失效是组织管理不稳定和不确定的根源。为了消除运行中的不确定性，需要增加组织的控制，提高系统的可靠性。