聚类分析是一类将数据所对应的研究对象进行分类的统计方法。这一类方法的共同特点是，事先不知道类别的个数与结构；进行分析的数据是表明对象之间的相似性或相异性的数据，将这些数据看成对对象“距离”远近的一种度量，将距离近的对象归入一类，不同类对象之间的距离较远。

聚类分析根据对象的不同分为Q型聚类分析和R型聚类分析，其中，Q型聚类是指对样本的聚类，R型聚类是指对变量的聚类。本节主要介绍Q型聚类。

一、距离和相似系数

1.1、距离在聚类过程中，相距较近的样本点倾向于归为一类，相距较远的样本点应归属于不同的类。最常用的是Minkowski距离。
当各变量的单位不同或变异性相差很大时，不应直接采用Minkowski距离，而应先对各变量的数据做标准化处理，然后用标准化后的数据计算距离。
使用SciPy库spatial模块下的distance子模块可以计算距离，使用该子模块下的pdist函数可以计算n维空间中观测值之间的距离，其语法格式如下：