《枪炮、病菌与钢铁：人类社会的命运》分为四大部分。
第一部分主题为《从伊甸园到卡哈马卡》，它由3个章节组成。这个部分讲述了人类进化历史中的迁徙以及在不同的大陆上时间更长、规模更大、但更少为人所了解的社会辐射性进化，为什么有的成了狩猎采集部落，有的却成了帝国。通过在同时代不同社会结构之间的碰撞导致了何种结果。
第二部分主题为《粮食生产的出现和传播》，包括第四章到第十章。这一部分讲述了作者认为产生以上社会结构不同的根源探寻，在不同的区域各个种族是通过什么方式进行粮食生产及农作、牲畜的驯化，并最终导致粮食生产源及传播速度的差异。
第三部分主题为《从粮食到枪炮、病菌与钢铁》，包含第十一章到第十四章。其中针对密集人口所特有的病菌的演化开始，文字的发明与传播以及其对技术传播及发展对于人类社会的发展带来了何种因素。而另一个关键要素则在于随着密集人口与粮食生产的发展、维持保护人民的常备军、组织战争等情况，从而产生出相应的行政体系进行管理。
第四部分主题为《在五章中环游世界》，包含第十五章至第十九章。该主题将第二部分和第三部分所讲的内容应用于每个大陆和一些重要的岛屿。尾声题为《人类史作为一门科学的未来》，列出了剩下来的几个问题，包括欧亚大陆不同地区之间的差异问题，与环境无关的文化因素的作用，以及个人的作用。