图片绘制使用R语言中的RIdeogram包进行，数据分析使用TBtools完成。

1、首先在NCBI或者其他网站下载需要分析的物种基因组文件，包括全基因组序列，gff文件，cds序列文件。

2、使用TBtools中Sequence Toolkit菜单下Fasta Tools类目中的Fasta Stats 对染色体长度进行统计。将染色体长度信息，按照R包要求的数据格式进行整理：（第一列染色体名称，第二列 起始位置，第三列 结束位置，第四列 染色体填充颜色，第五列 物种名称，第六列 物种名字体大小，第七列 物种名颜色），将文件保存为chr_info.csv。

3、使用TBtools中Comparative Genomics类目中OneStepMCScanX-SuperFast工具对两物种间的共线性关系进行分析（需要先在Plugin Store中进行该插件安装），将分析得到的共线性关系（geneLinkedRegion），按照R包要求的数据格式进行整理：（第一列物种1的染色体名称，第二列 物种1起始位置，第三列 物种1结束位置，第四列 物种2染色体名称 ，第五列 物种2起始位置，第六列 物种2结束位置，第七列 关系对的连线颜色，第八列 指定共线性物种）。将文件保存为gene_link.csv。第七列fill可更改颜色代码以突出某些共线性关系，由于线条是按先后顺序进行绘制的，因此要将这些需要突出的关系对至于表格中的最后面，以免被遮挡覆盖。第八列type的参数为1、2、3，根据步骤2中染色体信息表中物种的先后顺序进行排列，1代表第1个物种与第2个物种之间的关系，2代表第1个物种与第3个物种之间的关系，3代表第2个物种与第3个物种之间的关系。如果只是进行两物种之间的共线性分析，则无需type列。

4、在共线性关系文件（geneLinkedRegion）中，找到所需分析基因家族成员的关系对放置到第3步的文件的最后，并设置连线颜色代码。

5、使用R语言进行绘制

install.packages("RIdeogram") #安装R包RIdeogram

library("RIdeogram") #加载R包

A <- read.table("chr_info.csv", sep= ",", header = T) #读取染色体信息文件

B <- read.table("gene_link.csv", sep= ",", header = T) #读取共线性关系文件

ideogram(karyotype = A, synteny = B,output ="file name. svg") #绘制共线性图

convertSVG("name.svg ", device ="png",file = "file name",dpi = 600) #将svg文件转换为png

convertSVG("name.svg ", device="pdf",file = "file name") #将svg文件转换为pdf文件