Your error cannot repeat. See below. I suggest you report it to SAS.

63   data t1;
64      do cat=1 to 5;
65         do j=1 to 1e6;
66            x=rannor(90);
67            y=rannor(90);
68            if cat=4 then y=1;
69            if cat=5 then y=.;
70            output;
71          end;
72       end;
73   run;

NOTE: The data set WORK.T1 has 5000000 observations and 4 variables.
NOTE: DATA statement used (Total process time):
      real time           1.76 seconds
      cpu time            1.74 seconds


74
75   proc corr;
76   by cat;
77   var x y;
78   run;

NOTE: PROCEDURE CORR used (Total process time):
      real time           0.69 seconds
      cpu time            0.59 seconds