deap2.1应该可行，我没做过二阶段的，但做过曼奎斯特的，楼主可以试一下

但是都说不能用这个做二阶段关联DEA。。。M氏系数是可以在Deap里面选的吧。。。恼火。。。那么你是做的一阶么？？

导入文件如下：
eg4-dta.txt            DATA FILE NAME
eg4-out.txt            OUTPUT FILE NAME
5                NUMBER OF FIRMS
3               NUMBER OF TIME PERIODS
1                NUMBER OF OUTPUTS
1                NUMBER OF INPUTS
1                0=INPUT AND 1=OUTPUT ORIENTATED
0               0=CRS AND 1=VRS
2               0=DEA(MULTI-STAGE), 1=COST-DEA, 2=MALMQUIST-DEA, 3=DEA(1-STAGE), 4=DEA(2-STAGE)

4=DEA(2-STAGE)  就是2阶段的呀

但是数据输入应该怎样呢？？？难道是第一阶段投入 中间产出变量 第二阶段产出么？？？

Deap，这里面的DEA(2-STAGE)并不是指的是两阶段DEA ,而是两步DEA方法求解效率，其实还是一阶段的。。。