对现代资本市场理论最为直接的挑战就是资本市场中出现的异常现象，这些现象很难用有效市场假说进行合理地解释。如股票市场的过度波动、收益率的尖峰和厚尾现象、资产溢价之谜和日期现象等。这些资本异常现象表明，投资者并不总是以理性态度做出决策，在现实中存在诸多的认知偏差，这些偏差也不可避免地要影响投资者的资本投资行为，进而影响资产的定价，这些都是以有效市场假说(EMH)为基础的现代资本市场理论所难以克服的缺陷，因而，有效市场假说(EMH)越来越受到学者和金融工作者的质疑。

(1)过度波动现象。在所有资本现象中，对有效市场假说(EMH)打击最为沉重的就是股票市场的过度波动，即资本市场的波动性(Volatility)检验。这主要是因为有效市场假说的重要结论是：股市的上涨和下跌主要是由公司基本面和投资者自身的投资组合以更好地规避不确定风险所引发的。如果股票市场的波动性无法用股票基本价值波动来解释，那么市场的有效性假说必然会受到质疑。

耶鲁大学经济学家希勒(Shiller)教授对美国股市波动性进行了大量的实证研究。希勒首先以一固定的折现率计算了1971年以来标准普尔综合指数股票所实际支付的红利现值，然后以估算的红利现值与实际的股票价格进行比较。比较结果显示，股票价格的波动的测量结果5倍至13倍地高于理论值，以至于不能将其归因于未来实际红利的新信息。有效市场假说在此严重失效，而且也无法将这种失效归因于诸如数据失误，价格指数问题或是税法变化等等方面。希勒教授的这一发现在经济学界引起了一场大争论，有些学者对他采用固定折现率来计算红利现值提出了质疑。希勒教授又分别用可变动利率和消费的边际替代率为折现值进行了计算。结果显示实际股票价格的波动幅度依然远远高于理论值。万斯特教授(West)对此进行了更为深入的研究，他指出标准的预期收益理论是无法解释过度波动问题。这与有效市场假说不相符，股票价格的过度波动不与基本因素相关，而是取决于投资市场的内在动力。有效市场假说及以此为基础的现代资本学理论受到前所未有的巨大挑战。

(2)尖峰、厚尾现象。股票市场的另一金融异常现象就是收益率的尖峰和厚尾现象。对此是了通常的解释是：信息是偶尔以成堆的方式出现，而不是以平滑连续的方式出现。市场对于成堆信息的反应导致了尖峰和厚尾分布。这就意味着投资者以累积的方式对迄今他们忽略的所有信息做出反应，这一情况的出现隐含着现在是受过去影响的。在不确定的市场中，信息的价值是显而易见的，许多学者的研究已经表明，股票市场是一个信息不完全的市场。这与有效市场假说产生了明显抵触。

(3)资产溢价之谜。资产溢价是指在股票市场上股票的历史平均收益和债券市场上债券的历史平均收益之间的差。梅拉和普雷斯柯特发现，从历史上看，股票市场具有非常高的超额回报率。他们以美国标准普尔指数股票为基础对1926年到1997年股票和同期国债的收益进行了实证研究。从中发现，虽然股票比国债的风险高，预期收益也高，但对于每年的收益差异还是远远不能用风险因素进行解释的，这就是“资产溢价之谜。

(4)日期效应现象。有效市场假说的一个重要结论是：股票价格不会对与市场中股票价值无关的信息做出反应。但许多“日期现象”却对该理论提出了挑战。1987年10月19日，星期一，道琼斯工业指数大幅度的单日跌幅，因此也被后人称为“黑色星期一”。实际上许多次股市价格的大幅度波动都没有有力的相关信息支持。卡特勒研究了二战后美国股市上单日波动幅度最大的50支股票，结果发现大多数股票在发生大幅波动前日并没有发布任何重大信息。1987年的“黑色星期一”和卡特勒的研究进一步证实了希勒对“波动现象”的发现。