约翰森协整检验在理论上是很完善的，但有时检验结果的经济意义解释存在问题。如当约翰森协整检验结果有多个协整向量时，究竟哪个是该经济系统的真实协整关系？如果以最大特征值所对应的协整向量作为该经济系统的协整关系，这样处理的理由是什么？而其他几个协整向量又怎样给予经济解释？由此可见这种方法尚需完善，一般取第一个协整向量为所研究经济系统的协整向量。