（一）自查重点
1、检查研发费用的50%加计扣除和残疾人工资的100%加计扣除部分所形成的亏损是否在今后的5年当中，用税前利润进行弥补。
2、检查企业用减资的方法以达到弥补亏损时，对减资的部分有没有调整应纳税所得额缴纳企业所得税；
3、检查减资部分是否按照股东各自的比例减少各自的实收资本多缴纳了个人所得税。
4、检查企业以前年度未能扣除的资产损失，在企业资产损失发生年度扣除追补确认的损失后如出现亏损，是否首先应调整资产损失发生年度的亏损额，然后按弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税税款。 cntaotax.net 淘尽税海精华,网遍财会政策
5、税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，检查应税务局调增的应纳税所得额是否弥补该亏损。如果弥补该亏损后仍有余额的，检查是否按照企业所得税法规定计算补缴企业所得税。
6、检查企业是否有虚报亏损。
（二）税务处理
1、减资弥补亏损的税务处理
按照《中华人民共和国公司法》规定，公司需要减少注册资本时应符合以下条件：
①公司减资，应事先通知所有债权人，债权人无异议，方允许减资；②经股东会决议同意，并修改公司章程；③公司减资后的注册资本不得低于法定注册资本的最低限额。
企业因严重亏损而减资的会计处理为：借记“实收资本”或“股本”，贷记“利润分配―未分配利润”，金额为因严重亏损而减少的资本或股本数。税务上未见特殊规定，但变更注册资本属于应作税务登记变更的事项，所以企业减少注册资本要到工商部门办理变更登记，并到税务部门办理变更登记。
减资弥补亏损的实质是公司减资后将款项归还给股东，股东再以同样的款项捐赠给公司用以弥补亏损，根据《企业所得税法》第六条八款规定：“企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额，其中第八款为接受捐赠收入。”
因此，减资弥补亏损的，应调增当年度应纳税所得额，补缴企业所得税，但不要缴纳个人所得税。
2、总机构弥补分支机构的税务处理
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）规定，总机构弥补分支机构2007年及以前年度尚未弥补完的亏损时，填报企业所得税年度纳税申报表附表四“弥补亏损明细表”第三列“合并分立企业转入可弥补亏损额”对应行次。
解析：新法实行的是法人所得税制，分支机构不再是独立纳税人，但原税法下可以独立纳税的分支机构形成的亏损，国税发[2008]28号第十七条给出了过渡性规定：即“总机构和分支机构2007年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损，允许在法定剩余年限内继续弥补”，且该弥补事项要持续到2012年（2008-2012）才能退出历史舞台。本条规定明确此项弥补暂时在附表四“弥补亏损明细表”第三列“合并分立企业转入可弥补亏损额”对应行次填列。中国淘税网 cntaotax.net 淘尽税海精华,网遍财会政策
【案例分析】24 某公司从2006年到2011年的利润如下（单位元）：其中2008年其分公司的亏损10,000.00元还没有进行弥补，2011年利润为141,728.43元, 2010年利润为-80,503.41元, 2009年利润为-89,474.67元, 2008年利润为-78,315.68元, 2007年利润为-88,955.19元, 2006年利润为-31,756.34元,请问如何填亏损弥补明细表？

3、以前年度未扣除的资产损失企业所得税处理
【法规索引】《国家税务总局关于发布〈企业资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）第六条 规定：“企业以前年度发生的资产损失未能在当年税前扣除的，可以按照本办法的规定，向税务机关说明并进行专项申报扣除。其中，属于实际资产损失，准予追补至该项损失发生年度扣除，其追补确认期限一般不得超过五年。
企业因以前年度实际资产损失未在税前扣除而多缴的企业所得税税款，可在追补确认年度企业所得税应纳税款中予以抵扣，不足抵扣的，向以后年度递延抵扣。中国淘税网 cntaotax.net 淘尽税海精华,网遍财会政策
企业实际资产损失发生年度扣除追补确认的损失后出现亏损的，应先调整资产损失发生年度的亏损额，再按弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税税款，并按前款办法进行税务处理。
解析：追补以前年度资产损失引起的亏损额的确认，首先发生的资产损失应属于国家税务总局公告2011年第25号规定的“按当时企业所得税有关规定符合资产损失确认条件的损失”，然后才能申请在损失所属年度申报扣除。比如，追补2007年度未扣除资产损失引起的亏损，首先该资产损失应符合原《企业资产损失所得税前扣除管理办法》（国家税务总局公告2011年第25号）规定，然后才能调整2007年度亏损额，填报在2010年度纳税申报表附表四“弥补亏损明细表”对应的“第三年”亏损年度对应行次。