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2013-10-22
悬赏 50 个论坛币 已解决
大家好!我打算在R中用ape包进行简单的聚类分析,具体的操作代码如下:

library(ape)
trnwk <- "((((Homo:0.21,Pongo:0.21):0.28,Macaca:0.49):0.13,Ateles:0.62)"
trnwk[2] <- ":0.38,Galago:1.00);"
tr <- read.tree(text = trnwk)
plot(tr)
axisPhylo()

这个代码是在参考书上找到的,我的数据和参考书上不同,我的物种数是15个,我有每两个物种的基于cytb分析的遗传距离,不知道该怎么将这些成对的遗传距离读入R程序中,做出聚类图,麻烦各位高手指点一二,先谢谢了!

遗传距离.xls
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niu9146 查看完整内容

用hclustr不行吗? 读excel文件有问题,转化为文本文件,b.txt A
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2013-10-22 15:34:42
用hclustr不行吗?

读excel文件有问题,转化为文本文件,b.txt

A<-read.table("D:/temp/b.txt")
d<-dist(A)
t <-hclust(d, "complete")
plot(t,hang=-1)
Rplot01.jpeg
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原图尺寸 43.96 KB

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2013-10-22 16:18:23
自己顶一下
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2013-10-23 09:34:48
后两图是附件,传错了,怎么删掉???
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2013-10-24 09:44:45
niu9146 发表于 2013-10-23 08:42
用hclustr不行吗?

读excel文件有问题,转化为文本文件,b.txt
谢谢您的回复,这个建树的方法很好,只是我要用APE包建树,然后用这个树进行下面的分析,单纯的hclustr建树还是满足不了后面的分析需要,谢谢您热心的回复,多谢!!
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