大股东侵犯小股东的利益，是通过侵犯公司的利益。但是公司也是大股东的公司，为什么他会想自己的财产伸出黑手呢？举个极端的例子，如果股东只有一个，那么他会不会侵犯公司的利益呢。不会，因为公司的资产，100%归他所有。赢了亏了都是他的。
但是现代企业，为了融资，会有很多股东。每个股东对企业而言有两种权利：现金流量权，依此来分配红利；和控制权，依此来实际掌握公司的日常运营。
现金流量权的多少代表投资的多少，如果每个股东都照此比例与企业福祸共担，则是公平的：多投资的，企业盈利时多获利，企业亏损时也多亏损。可惜的是，对企业利益的分享不止有分红一条。很多其他的方法可以使公司的资产和收入向某一方或某几方转移，而中间的决策则由对公司占有控制权的股东来操作。
问题在于，一般情况下大股东所占的控制权往往大于其现金流量权，造成的结果便是可以用小股东的投资来填充自己的腰包了。这时候，虽然盗窃（或变相转移）或者过度的风险也会造成企业亏损，但是一部分风险却由不掌握控制权的小股东承担了。大股东则或是净收益或是转移了部分风险。
这便是大股东侵犯小股东利益的根源。当然也与法制有关：如果公司法和证券法可以真实有效地切实保护小股东的利益，严格控制大股东与公司间的关联交易，那么将会有利于减少大股东侵犯小股东利益的行为。