原始的英文官方说明并没有说一定是英文后加两位数字，只是说每个字母所代表的类目下可分二级而已，应该是最初翻译的的人误导了，例如中文维基。虽然我并非经济专业，但据我所知，一般而言，许多分类法系统为了保留其后的扩展性，会将当前使用的类号增补一位0作为以后添加更细类目的预留空间，应该没有什么特殊意义。建议你看一下http://www.aeaweb.org/jel/guide/jel.php，可以发现都会有你提到的有第三位数字0情况，个人认为期刊通常使用两个数字可能是通行惯例。